W 1964 r. Muzeum uzyskało 2 spichrze stojące przy ul. Grodzkiej pod numerami 9 i 11. Wchodziły one w skład kompleksu 5 spichrzy stojących między ul. Grodzką a rzeką Brdą. Magazyny zbożowe powstały w ostatniej dekadzie XVIII wieku. Są to budowle o tzw. konstrukcji szachulcowej, charakteryzującej się drewnianym szkieletem z ceglanymi wypełnieniami pól. Od początku swego istnienia pełniły one funkcje magazynowe. W lutym 1960 r. wybuchł pożar, który strawił dwa spichrze przylegające do Rybiego Rynku, noszące numery 13 i 15. Po pożarze i koniecznych pracach adaptacyjnych, zakończonych w 1964 r., dwa spichrze o numerach 9 i 11 zostały przeznaczone dla muzeum, a w trzecim ulokowano siedzibę Wojewódzkiego Konserwatora Zabytków oraz Przedsiębiorstwo Imprez Artystycznych Estrada. Wobec pogarszającego się stanu spichrzy postanowiono przeprowadzić remont kapitalny, przeznaczając jednocześnie cały zespół na potrzeby Muzeum. Remont rozpoczął się w 1993 r., a kolejne obiekty sukcesywnie oddawano do użytku w latach 2004-2006. Mieszczą się tu: Dział Historii, Dział Grafiki, Dział Etnografii oraz Dział Muzyczny. Obecnie prezentowane są wystawy stałe: Od Starego Rynku do placu Wolności. Spacer ulicami międzywojennej Bydgoszczy i Bydgoszcz – okruchy miasta oraz wystawy czasowe.