Zbiory historyczne zostały przejęte przez nasze Muzeum z kolekcji stworzonej przez Bydgoskie Towarzystwo Historyczne.

Dział Historii jest największym działem Muzeum Okręgowego, gromadzącym najbardziej różnorodne obiekty. Wśród nich są następujące grupy zabytków: historyczne, militarne, falerystyczne, archiwalne i fotograficzne.

W skład grupy obiektów określanych umownie jako historyczne wchodzą wszelkie pamiątki związane z przeszłością Bydgoszczy i regionu oraz wyroby rzemiosła cechowego i artystycznego zarówno polskiego, jak i krajów ościennych. Wśród pamiątek bydgoskich największa ilość przedmiotów pochodzi z XIX i XX wieku, jedynie nieliczne powstały wcześniej. Liczna część obiektów związana jest z bydgoskim Bractwem Strzeleckim. Dużą wartość posiada kolekcja wyrobów cynowych powstałych od XVII do XX wieku. Została ona zapoczątkowana jeszcze w latach 30. XX ubiegłego stulecia. W kategorii zbiorów rzemiosła artystycznego wyodrębnić można szereg kolekcji świadczących o różnorodności zbiorów, zawierających zabytki ceramiczne, szklane i metalowe, ponadto meble, zegary oraz tkaniny pochodzące z okresu od XIV do XX wieku. Pokaźna kolekcja ceramiki artystycznej obejmuje wyroby z porcelany, fajansu i kamionki z XVI-XX wieku. W latach 70. XX wieku rozpoczęto gromadzenie przedmiotów secesyjnych obejmującej przedmioty wykonane z różnych materiałów oraz meble. Obecnie tworzony jest zbiór wyrobów w stylu art deco, a także wyrobów polskiego wzornictwa z lat powojennych. W skład zbiorów historycznych wchodzi również duża liczba sztandarów cechowych i organizacyjnych. Warto wspomnieć, że w zbiorach znajdują się również obrazy, grafiki i rysunki głównie o tematyce bydgoskiej.

W grupie drugiej zawarte są obiekty związane głównie z militarną przeszłością miasta oraz stacjonujących w nim jednostek. W skład zbioru wchodzą elementy umundurowania i wyposażenia żołnierza, broń biała i broń palna. Zabytki te pochodzą głownie z XIX i XX wieku. Na uwagę zasługują elementy uzbrojenia z Bliskiego i Dalekiego Wschodu.

Grupa trzecia obejmuje zbiory falerystyki, włączone do Działu Historii dopiero na początku lat 90. XX wieku. Na jej zawartość składają się ordery, odznaczenia, odznaki, oznaki, godła i znaczki, głównie polskie i niemieckie, począwszy od końca XVIII wieku aż do czasów współczesnych (w odniesieniu do wyrobów krajowych). Zbiór falerystyczny dzieli się na dwa piony: wojskowy i cywilny. Niewielki zestaw stanowią odznaczenia i odznaki obce (poza niemieckimi), pochodzące z państw europejskich.

Archiwalia składające się na grupę czwartą to dokumenty rękopiśmienne, maszynopisy oraz wszelkiego rodzaju druki. Wśród rękopisów największe znaczenie mają dokumenty staropolskie związane z Bydgoszczą. W zespole maszynopisów znajdują się przede wszystkim relacje i opracowania oraz dokumenty wytworzone przez współczesne kancelarie. Najszerszy dział to druki, począwszy od wielkoformatowych, takich jak afisze i plakaty, aż po formy drobne, jak akcje, obligacje, karty zaopatrzeniowe, losy i bilety. Bardzo duże zespoły stanowią dokumenty osobiste i dyplomy oraz mapy i plany.

Ostatnia, piąta grupa, obejmuje fotografie powstałe w okresie od 1860 roku aż do lat 90. XX wieku. Są to głównie prace autorów bydgoskich, a najwartościowszą kolekcję stanowią fotografie powstałe w Bydgoszczy w XIX wieku i na początku XX wieku. Do równie ważnych należą zdjęcia i albumy wytworzone w czasie II wojny światowej i w okresie Polski Ludowej.