Początki kolekcji numizmatycznej sięgają XIX wieku. W 1880 roku z inicjatywy Nadnoteckiego Towarzystwa Historycznego zaczęto gromadzić pamiątki historyczne, w tym monety i medale, z myślą o założeniu w przyszłości muzeum. Powstałe 5 sierpnia 1923 roku Muzeum Miejskie starało się z ówczesnym kustoszem Kazimierzem Boruckim i członkami Towarzystwa Numizmatycznego: Leonem Różdżyńskim i Stanisławem Niewiteckim pozyskiwać numizmaty, zwracając szczególną uwagę na monety bite w mennicy bydgoskiej. Gromadzono również prace medalierskie wybitnych polskich artystów: Konstantego Laszczki, Jana Raszki, Stanisława Popławskiego, Czesława Makowskiego i Jana Wysockiego.

Stan zbiorów numizmatycznych na dzień 31 VIII 1939 roku wynosił: monet różnych 867 szt., medali 163 szt. Mimo trudnej sytuacji w czasie II wojny światowej (zmiana dyrektora, siedziba placówki uległa rozbiórce) zbiory numizmatyczne nadal powiększano. Od 1 XII 1941 do 4 I 1944 roku zakupiono 235 monet,  w tym 30 z mennicy bydgoskiej. Po 1945 roku kolekcja, znacznie uszczuplona, w wyniku decentralizacji zbiorów, wymagała gruntownego uporządkowania i inwentaryzacji, czego nie mogła zagwarantować niewielka obsada personalna muzeum. Przez wiele lat zbiór był zamknięty. 1 XII 1966 roku z Działu Historycznego wyodrębniono Gabinet Numizmatyczny. Zadaniem jego było gromadzenie monet, banknotów i medali polskich oraz z  ziem historycznie z Polską  związanych. W zbiorze znalazły się skarby i znaleziska monet z regionu kujawsko – pomorskiego i wielkopolskiego. Do powiększenia kolekcji przyczyniły się także monety pozyskane od znanych zbieraczy: Czesława Knozowskiego, Stanisława Niewiteckiego i ks. Edmunda Majkowskiego. W roku 2021 w wyniku zmian w strukturze organizacyjnej Muzeum Okręgowego Dział Numizmatyki został przemianowany na Pracownię Numizmatyczną, którą włączono w struktury Działu Historii.

Kolekcja monet jest najstarszą i najliczniejszą częścią zbioru.  W zbiorach znajdują się monety pochodzące ze wszystkich mennic czynnych w Polsce  na przestrzeni wieków, od monet piastowskich aż do współczesnych. Na uwagę zasługują  emisje  Władysława  Hermana, monety bite w okresie rozbicia dzielnicowego m. in. denary Władysława II i Bolesława Kędzierzawego. Ważną pozycję w kolekcji zajmuje denar cieszyński Przemysława I Noszaka, dukat Władysława Warneńczyka, trojak tzw. szyderczy Zygmunta  Augusta z 1565 roku czy talary oblężnicze gdańskie  i talar siedmiogrodzki Stefana Batorego.  Z bydgoskiej mennicy wymienić należy półtalary i talary, trojak z 1650 roku oraz niedawno zakupiony dwudukat z 1660 roku. Niezwykle interesująco prezentuje  się produkcja mennicza Stanisława Augusta Poniatowskiego m.in. rzadkie półtalary, talary sześcio i ośmiozłotowe oraz talar targowicki z 1793 roku. W zbiorze znajdują się monety bite w czasie oblężenia Zamościa, komplet emisji wydanych podczas powstania listopadowego w 1831 roku, monety Wielkiego Księstwa Poznańskiego i Wolnego Miasta Krakowa oraz monety Księstwa Warszawskiego. W całości zgromadzono produkcję  Mennicy Warszawskiej w Królestwie Polskim. Zbiór obejmuje też kolekcję monet emitowanych od 1916 roku; wymienić tu należy prawie  kompletny zestaw monet próbnych i pamiątkowych, monet zastępczych miast polskich oraz żetony tramwajowe, gazowni, spółdzielni i kasyn wojskowych.

Kolekcja banknotów i bonów pieniężnych zawiera  m.in. pierwsze polskie pieniądze papierowe wypuszczone przez Radę Najwyższą w czasie insurekcji kościuszkowskiej w 1794 roku oraz bilety kasowe Księstwa Warszawskiego z 1810 roku. Poza kompletem banknotów Polskiej Krajowej Kasy Pożyczkowej, Banku Polskiego, Banku Emisyjnego oraz Narodowego Banku Polskiego zgromadzono pokaźną kolekcję bonów zastępczych z okresu I wojny światowej i wydawanych tuż po niej emisji miast, gmin i instytucji prywatnych. Należy także wymienić banknoty Wolnego Miasta Gdańska w walucie markowej i guldenowej, bony łódzkiego getta oraz bony obozów jenieckich. Ze starych zasobów występują banknoty państw ościennych: rosyjskie (carskie, rewolucyjne, ZSRR), czeskie, niemieckie i austro-węgierskie, a także pojedyncze egzemplarze innych krajów z Europy, Azji i Ameryki Płd. i Pn.

Dużą wartość poznawczą i artystyczną posiadają medale okolicznościowe i pamiątkowe. Dokumentują one i utrwalają ważne wydarzenia polityczne, społeczne i kulturalne. Odzwierciedlają wszystkie kierunki i tendencje panujące w sztuce drobnego reliefu na przestrzeni 500 lat. Zbiór poszczycić się może kilkoma medalami znakomitych twórców: Sebastiana Dadlera, Jana Hoehna, Marcina Smelzinga, Marcina H. Omeisa, Pawła H. Groskurta, Henryka F. Wermutha czy Jerzego W. Vestnera. Pośród wielu cennych medali pozyskanych do kolekcji na uwagę zasługują dzieła medalierskie Jana Filipa Holzhauessera poświęcone wybitnym osobistościom epoki: Stanisławowi Małachowskiemu, Szymowi Amadeuszowi Zugowi  i Szymownowi Konarskiemu. Pokażny zbiór tworzą prace bite i lane  najwybitniejszych medalierów XIX i XX wieku: Władysława Marcinkowskiego, Wincentego Trojanowskiego, Czesława Makowskiego, Jana Wysockiego, Konstantego Laszczki, czy też Józefa Aumillera, Franciszka Habdasa, Józefa Gosławskiego, Stanisława Sikory, Józefa Markiewicza, Ewy Olszewskiej–Borys, Józefa Stasińskiego i Stanisławy Wątróbskiej.  Zbiór na bieżąco uzupełniany jest  o prace współczesnych medalierów polskich.

Osobną  kolekcję tworzą medale tematycznie związane z Bydgoszczą – od XIX wieku aż do czasów współczesnych (ponad 400 sztuk).