W 1983 r. wprowadzony został nowy statut, który z punktu widzenia historii placówki był niezwykle ważny. Od tego dnia aż do dzisiaj, pomimo znaczących zmian organizacyjnych i strukturalnych, Muzeum funkcjonuje bowiem pod tą samą, rozszerzoną nazwą – Muzeum Okręgowe im. Leona Wyczółkowskiego w Bydgoszczy.
Nadanie bydgoskiemu Muzeum statutu placówki o zakresie obejmującym cały region przyczyniało się do rozbudowy zbiorów i rozszerzenia przedmiotu badań. Włączone w strukturę bydgoskiej placówki muzea regionalne w Żninie, Wenecji, Kcyni i Tucholi gromadziły – przy wsparciu bydgoskich muzealników – artefakty związane z kulturą „małych ojczyzn” i zamieszkujących je różnorodnych grup.
Rozszerzenie działalności na całe województwo otworzyło przed Muzeum Okręgowym nowe horyzonty wystawiennicze. Bydgoszcz, będąc ośrodkiem położonym w północnej części Kujaw, w tym czasie w ramach województwa bydgoskiego sąsiadowała z innymi regionami etnograficznymi takimi jak: Pałuki, Krajna, Bory Tucholskie, Kociewie i Kaszuby. Dla rozbudowy zbiorów etnograficznych Muzeum i jego oddziałów niezwykle istotne było nawiązanie i utrzymywanie kontaktów z osobami podtrzymującymi oraz kontynuującymi tradycyjne umiejętności w zakresie rękodzieła, zdobnictwa i folkloru.
W 1986 roku w ramach struktury organizacyjnej Muzeum powołano Dział Etnografii. W ramach jego działalności objęto stałą opieką twórców ludowych, kierowano działaniami mającymi na celu zachowanie żywego, materialnego i niematerialnego dziedzictwa okolic Bydgoszczy i regionów etnograficznych, prowadząc jednocześnie regularne zakupy dla Muzeum, które dzięki temu mogło poszczycić się pokaźnymi zbiorami w tej kategorii.
Przygotowano wiele ekspozycji prezentujących kulturę ludową będącą dziedzictwem mieszkańców okolicznych obszarów etnograficznych. Pierwszą wystawą była Rzeźba ludowa Pałuk otwarta w Bydgoszczy w 1986 r. Nabywanie zabytków do zbiorów następowało głównie podczas terenowych eksploracji, a także poprzez zakupy dzieł z konkursów i wystaw, odbywających się w wymienionych wyżej regionach lub bezpośrednio od artystów ludowych. Stopniowo kształtowały się poszczególne dziedziny zbiorów: przedmioty należące do materialnego inwentarza wiejskich gospodarstw, ubiory i tkaniny, sztuka ludowa i nieprofesjonalna oraz archiwalia.
Muzealna infrastruktura na Wyspie Młyńskiej w omawianym okresie wymagała wielkiego nakładu pracy i czasu. W budynku przy ul. Mennica 7 (ob. Dom Leona Wyczółkowskiego) do funkcjonującej już w poprzedniej dekadzie Pracowni Fotograficzne dołączyła Pracownia Konserwatorska. Poza tym przez pewien czas znajdowały się tam siedziby Działów Dokumentacji, Inwentaryzacji i Naukowo-Oświatowego. Drugim budynkiem zaadaptowanym na cele muzealne był Biały Spichrz. Miejsce to pełniło funkcje wystawiennicze. Pozostałe trzy budynki na Wyspie Młyńskiej wykorzystywane przez Muzeum znajdowały się w latach 80. XX w. w złym stanie i na ich pełną rewitalizację i modernizację przyszedł czas dopiero w XXI w.
W latach 80. XX w. bydgoskie Muzeum Okręgowe wspólnie z redakcją „Ilustrowanego Kuriera Polskiego” prowadziło dwie znaczące akcje społeczne mające na celu pozyskanie zbiorów. Pierwsza z nich dotyczyła pamiątek związanych z dziedzictwem rzemieślniczym Bydgoszczy i okolic. Podczas drugiej zbierano materiały związane z pobytem żołnierzy Wojska Polskiego w niemieckich obozach jenieckich podczas II wojny. Działania te zakończyły się dużym sukcesem. Pozyskano znaczącą ilość dokumentów, fotografii, pamiątek i narzędzi.
W związku z powołaniem Działu Grafiki i stale powiększającymi się zbiorami z tego zakresu przygotowana została duża wystawa prezentująca przekrój prac pochodzących z lat 1944-1984 (1984-1985).
Na przełomie lat 80. i 90. XX w. powrócono na szerszą skalę do prowadzenia międzynarodowej wymiany wystawienniczej. Zorganizowano kilka interesujących wystaw za granicą, m.in. w Berlinie, Wilhelmshaven, Delmenhorst, a także Bratysławie, Sztokholmie, Esslingen, Suhl, Spisskej Novej Vsi. Na czas transformacji ustrojowej przypadł rozwój kontaktów Muzeum ze środowiskami zrzeszającymi urodzonych w Bydgoszczy Niemców mieszkających w Wilhelmshaven (mieście partnerskim Bydgoszczy). Z powodów naturalnych dla pamiętających wspólną, trudną przeszłość mieszkańców był to ostatni moment na realizację tego typu działań. Finalizacja bydgoskiego pojednania była sukcesem tego pokolenia i co warto podkreślić – Muzeum odegrało w nim znaczącą rolę. Poza prezentacją obiektów związanych z Bydgoszczą tematami pokazów zagranicznych była współczesna sztuka polska oraz twórczość Leona Wyczółkowskiego. Pod koniec dekady przyszedł czas na pierwsze refleksje dotyczące okresu PRL-u, które miały również służyć ukazaniu tematów dotychczas zakazanych lub z politycznych względów pomijanych. Ważne miejsce wśród prezentowanych wystaw zajęły te odnoszące się do działalności cechów bydgoskich i rzemiosła artystycznego. W 1987 r. w Bydgoszczy została zorganizowana duża ekspozycja przygotowana wspólnie z muzealnikami z czeskiego Brna – Historia Moraw na monetach i medalach.
W tym okresie popularnością zaczął cieszyć się nieco zapomniany po II wojnie światowej bydgoszczanin z urodzenia – Walter Leistikow, którego dzieła prezentowano kilkukrotnie w czasie przemian ustrojowych w Polsce. Na początku lat 90. XX w. rozpoczął się prawdziwy renesans popularności tego artysty.
Po przeprowadzonych reformach administracyjnych okresu przemian ustrojowych, w 1992 r. bydgoskie Muzeum pod względem praktycznym przestało pełnić rolę instytucji okręgowej. Zamiejscowe oddziały uzyskały niezależność. Zdecydowano jednak utrzymać nazwę, która symbolicznie niosła ze sobą renomę, będąc spadkiem po kilkunastoletniej historii jakże ważnego i prestiżowego w dziejach Muzeum etapu.