Zmiana struktury, wiążąca się ze zmianą dyrekcji Muzeum w 2020 roku, była podyktowana chęcią wprowadzenia w życie idei muzeum krytycznego. Założono funkcjonowanie jednostki, jako muzeum „agora”, „forum” lub „sympozjon”, czyli muzeum zaangażowanego w debatę publiczną, podejmującego istotne, i przez to często kontrowersyjne problemy, którymi aktualnie żyje społeczeństwo. Zadania, jakie postawiono kierownikom działów, prowadziły do stworzenia z muzeum instytucji działającej na rzecz demokracji opartej na sporze. Tak rozumiane zadania działalności muzealnej, zakładały powstanie instytucji „autokrytycznej”, zakładającej głęboką analizę własnej tradycji i stawiającej na pojawienie się aktualnych tematów, interesujących współczesnych ludzi, zwłaszcza ludzi młodych, dążących w naturalny sposób do kwestionowania przeszłości.
We wprowadzonej od 2021 roku strukturze Muzeum Okręgowego w Bydgoszczy, znajduje się Dział Nauki i Literatury, który ma być propagatorem nowych, atrakcyjnych treści. Dział ten zajmuje się trzema obszarami funkcjonowania muzeum. Przede wszystkim pracownicy Działu opracowują plan wykładów plenerowych i stacjonarnych, które są przygotowywane przez merytorycznych pracowników muzeum oraz zewnętrznych ekspertów z kraju i ze świata. Tematyka wykładów dotyczy zarówno aktualnych wystaw prezentowanych w muzeum, jak i ważnych problemów społecznych i kulturalnych nurtujących społeczeństwo. W programie wprowadzono spotkania autorskie z osobami, które publikują książki o sztuce, popularnonaukowe z różnych dziedzin wiedzy, poezje i literaturę piękną. Różnorodność tematyki można dostrzec, przeglądając choćby pobieżnie program wydarzeń. Przede wszystkim prezentowana jest historia lokalna, wiedza o sztuce i kulturze regionu i kraju. Uczestnicy mają też możliwość zapoznania się m. in. z historią i kulturą krajów Europy, krajów Bliskiego i Dalekiego Wschodu oraz innych stron świata. Wykłady przybliżają wiele nowych zjawisk i procesów, zachodzących na świecie: od sztucznej inteligencji, przez dokonania biotechnologii do nowych idei organizacji społeczeństwa. Rekordy frekwencyjne biją wykłady psychoedukacyjne z cyklu „Psyche, znaczy mózg”. Warto dodać, że w 2023 roku Muzeum zostało wyróżnione przez Marszałka województwa kujawsko-pomorskiego „za upowszechnianie kultury lokalnej i regionalnej, organizację konferencji, które służą wymianie myśli i poglądów z zakresu historii współczesnej i regionalizmu”.
Drugim obszarem, zagospodarowywanym przez Dział Nauki i Literatury, jest edytorskie przygotowywanie publikacji muzealnych, czyli katalogów wystaw, przewodników po wystawach, prac naukowych i popularnonaukowych. Dbałość o edytorską i typograficzną doskonałość została zauważona przez Jury Bydgoskiej Literackiej Nagrody „Strzała Łuczniczki w składzie: prof. Jerzy Madejski (Uniwersytet Szczeciński), prof. Arkadiusz Morawiec (Uniwersytet Łódzki), prof. Jolanta Pasterska (Uniwersytet Rzeszowski), które przyznało „Złotą Strzałę Łuczniczki” w kategorii „poziom edytorski” za publikację towarzyszącą wystawie grafiki „Anna Sobol-Wejman i Stanisław Wejman”.
Obszarem uzupełniającym dwa poprzednie, jest przygotowywanie oferty księgarskiej dla uczestników wykładów, spotkań autorskich i zwiedzających muzeum. Pracownicy działu wyszukują i sprowadzają do muzeum najciekawsze publikacje z kraju i ze świata. W muzeum można zakupić najnowsze publikacje wydawnictw „artystycznych”, publikujących albumy o sztuce, książki historyczne, literaturę faktu oraz publikacje edukacyjne. Szczególne miejsce zajmują publikacje autorów związanych z miastem i regionem. Muzeum stało się w ten sposób jednym z niewielu miejsc w Bydgoszczy, gdzie można nabyć książki artystyczne i ambitną literaturę.
Pod nazwą „Sympozjon” pracownicy Działu prowadzą kanały w mediach społecznościowych, które adresowane są do osób „ciekawych wszystkiego”, w szczególności licealistów i studentów.