Zmiana struktury, wiążąca się ze zmianą dyrekcji Muzeum w 2020 roku, była podyktowana chęcią wprowadzenia w życie idei muzeum krytycznego. Założono funkcjonowanie jednostki, jako muzeum „agora”, „forum” lub „sympozjon”, czyli muzeum zaangażowanego w debatę publiczną, podejmującego istotne, i przez to często kontrowersyjne problemy, którymi aktualnie żyje społeczeństwo. Zadania, jakie postawiono kierownikom działów, prowadziły do stworzenia z muzeum instytucji działającej na rzecz demokracji opartej na sporze. Tak rozumiane zadania działalności muzealnej, zakładały powstanie instytucji „autokrytycznej”, zakładającej głęboką analizę własnej tradycji i stawiającej na pojawienie się aktualnych tematów, interesujących współczesnych ludzi, zwłaszcza ludzi młodych, dążących w naturalny sposób do kwestionowania przeszłości.
We wprowadzonej od 2021 roku strukturze Muzeum Okręgowego w Bydgoszczy, znajduje się Dział Nauki i Literatury, który ma być propagatorem nowych, atrakcyjnych treści. Dział ten zajmuje się trzema obszarami funkcjonowania muzeum. Przede wszystkim pracownicy Działu (kierownikiem jest Tomasz Kompanowski, Pani Martyna Kurowska jest referentem ds. wydawnictw), opracowują plan wykładów plenerowych i stacjonarnych, które są przygotowywane przez merytorycznych pracowników muzeum oraz zewnętrznych ekspertów z kraju i ze świata. Tematyka wykładów dotyczy zarówno aktualnych wystaw prezentowanych w muzeum, jak i ważnych problemów społecznych i kulturalnych nurtujących społeczeństwo. W programie wprowadzono spotkania autorskie z osobami, które publikują książki o sztuce, popularnonaukowe z różnych dziedzin wiedzy, poezje i literaturę piękną. Różnorodność tematyki można dostrzec, przeglądając choćby pobieżnie program wydarzeń. Przede wszystkim prezentowana jest historia lokalna, wiedza o sztuce i kulturze regionu i kraju. Uczestnicy mają też możliwość zapoznania się m. in. z historią i kulturą krajów Europy, krajów Bliskiego i Dalekiego Wschodu oraz innych stron świata. Wykłady przybliżają wiele nowych zjawisk i procesów, zachodzących na świecie: od sztucznej inteligencji, przez dokonania biotechnologii do nowych idei organizacji społeczeństwa. Rekordy frekwencyjne biją wykłady psychoedukacyjne z cyklu „Psyche, znaczy mózg”. Warto dodać, że w 2023 roku Muzeum zostało wyróżnione przez Marszałka województwa kujawsko-pomorskiego „za upowszechnianie kultury lokalnej i regionalnej, organizację konferencji, które służą wymianie myśli i poglądów z zakresu historii współczesnej i regionalizmu”.
Drugim obszarem, zagospodarowywanym przez Dział Nauki i Literatury, jest edytorskie przygotowywanie publikacji muzealnych, czyli katalogów wystaw, przewodników po wystawach, prac naukowych i popularnonaukowych. Dbałość o edytorską i typograficzną doskonałość została zauważona przez Jury Bydgoskiej Literackiej Nagrody „Strzała Łuczniczki w składzie: prof. Jerzy Madejski (Uniwersytet Szczeciński), prof. Arkadiusz Morawiec (Uniwersytet Łódzki), prof. Jolanta Pasterska (Uniwersytet Rzeszowski), które przyznało „Złotą Strzałę Łuczniczki” w kategorii „poziom edytorski” za publikację towarzyszącą wystawie grafiki „Anna Sobol-Wejman i Stanisław Wejman”.
Obszarem uzupełniającym dwa poprzednie, jest przygotowywanie oferty księgarskiej dla uczestników wykładów, spotkań autorskich i zwiedzających muzeum. Pracownicy działu wyszukują i sprowadzają do muzeum najciekawsze publikacje z kraju i ze świata. W muzeum można zakupić najnowsze publikacje wydawnictw „artystycznych”, publikujących albumy o sztuce, książki historyczne, literaturę faktu oraz publikacje edukacyjne. Szczególne miejsce zajmują publikacje autorów związanych z miastem i regionem. Muzeum stało się w ten sposób jednym z niewielu miejsc w Bydgoszczy, gdzie można nabyć książki artystyczne i ambitną literaturę.
Pod nazwą „Sympozjon” pracownicy Działu prowadzą kanały w mediach społecznościowych, które adresowane są do osób „ciekawych wszystkiego”, w szczególności licealistów i studentów.